Ogami Itto, l'ex-bourreau du Shogun, est confronté à son ennemi de toujours, Retsudo. Ce dernier envoie contre lui sa propre fille Kaori, une experte du couteau, puis son fils illégitime Hyouei, un adepte de la magie noire.

Itto, tueur à gages, a une nouvelle mission : tuer un prêtre détenteur de secrets compromettants. Itto doit l'empêcher de remettre au Shogun les preuves qu'un seigneur manigance pour transmettre son héritage à sa fille illégitime.

Ogami Itto occupe un poste très convoité au Japon: il est le seul à pouvoir décapiter des seigneurs au nom du Shogun. Le clan Yagyu, jaloux, le fait accuser injustement grâce à de fausses preuves, afin de provoquer sa destitution.

Ogami Itto est désormais pourchassé par un clan de femmes, des amazones assassins. D'autre part, il a une mission : il doit tuer un espion qui possède le secret d'une teinture dont le Shogun veut s'emparer.

La route de Ogami Itto croise celle de Kanbei, un samouraï déchu, devenu mercenaire. Kanbei défie Ogami Itto, mais ce dernier refuse le combat. Cependant, Ogami Itto va se retrouver à nouveau en face à Kanbei lors d'une mission.

Ogami Itto a un nouveau contrat : tuer une femme assassin au corps tatoué. Ogami enquête pour comprendre son passé et sa soif de vengeance. Parallèlement, le fils d'Ogami s'égard et se retrouve entre les mains de son pire ennemi.

Après 10 ans passés en taule, un yakusa se rend compte qu'à l'extérieur les choses ont bien changé. Il retrouve les quelques membres restants de son ex-clan, et avec eux, décide de tenter sa chance dans une autre ville, à Okinawa.