Yuki est fatiguée de tuer. Elle rencontre un homme vertueux et retrouve sa vigueur à ses côtés, mais transforme sa vengeance en quête de justice. Le gouvernement japonais agit de plus en plus de façon injuste et dictatoriale.

Ogami Itto est désormais pourchassé par un clan de femmes, des amazones assassins. D'autre part, il a une mission : il doit tuer un espion qui possède le secret d'une teinture dont le Shogun veut s'emparer.

Ogami Itto a un nouveau contrat : tuer une femme assassin au corps tatoué. Ogami enquête pour comprendre son passé et sa soif de vengeance. Parallèlement, le fils d'Ogami s'égard et se retrouve entre les mains de son pire ennemi.