Le 6 août 1945, une bombe atomique explose sur la ville d'Hiroshima au Japon. C'est l'enfer. Des victimes mutilées errent dans les ruines. Yasuko, une jeune femme, se trouvait à bord d'un bateau et a été irradiée par la "pluie noire".

Ogami Itto est désormais pourchassé par un clan de femmes, des amazones assassins. D'autre part, il a une mission : il doit tuer un espion qui possède le secret d'une teinture dont le Shogun veut s'emparer.

Un policier veut venger la mort de l'un de ses collègues. Pour cela, il va infiltrer la mafia, et monter les gangs les uns contre les autres.