Au 18ème siècle, le pouvoir impérial japonais censure les artistes. Shunrô, un jeune peintre fougueux, se fait exclure de son école pour son tempérament et son style particulier. Il finira pourtant par être reconnu comme un grand maître.

Jeanne fait un nouveau voyage au Japon pour y chercher une plante médicinale rare. Elle rencontre lors de ses pérégrinations dans la forêt un séduisant garde-forestier, qui va lui permettre de se réconcilier avec son passé.

Shishio a pris la mer dans son bateau de guerre en fer, et son objectif est le renversement du gouvernement. Kenshin veut le stopper. Il s'entraîne au sabre avec son vieux maître, afin d'apprendre ses techniques ultimes.

Kai, formé à l'art des samouraïs, se retrouve un temps combattant esclave. Puis il retourne dans son pays d'origine. 47 samouraïs font alors appel à lui pour venger leur maître assassiné. Ils vont affronter des dragons, des monstres...

Ryu a une apparence fragile. Elle pratique un métier qui ne lui ressemble pas: tueur à gages. Sa future cible est David, un occidental dont la compagne japonaise s'est suicidée. Le père de la jeune femme veut que David meurt.

Seibei est un samouraï de seconde zone, qui après le décès de sa femme, s'occupe seul de ses deux filles et sa mère malade. Il est méprisé par ses collègues. Mais le jour où il rencontre à nouveau son amour d'enfance, il se bat pour elle.