Shishio a pris la mer dans son bateau de guerre en fer, et son objectif est le renversement du gouvernement. Kenshin veut le stopper. Il s'entraîne au sabre avec son vieux maître, afin d'apprendre ses techniques ultimes.

Tueur devenu vagabond, Kenshin a été le témoin de la chute du shogunat et de l’émergence de despotes prêts à tout pour renverser le nouveau pouvoir en place. Face à la menace, Kenshin s’est juré de protéger la nation (...)sans rompre son voeu de tuer. (x)

Dans le Japon des Shoguns, un seigneur abuse de sa puissance, opprimant le peuple au gré de ses désirs. Treize hommes décident de lui barrer la route et de former un groupe d'assassins. Ils se préparent à un combat à un contre mille.

Une épidémie de cécité se répand. Les gouvernements décident d'isoler les premiers aveugles. Une femme feint d'être infectée pour pouvoir accompagner son mari. Ils sont mis en quarantaine dans un hôpital.