Shishio a pris la mer dans son bateau de guerre en fer, et son objectif est le renversement du gouvernement. Kenshin veut le stopper. Il s'entraîne au sabre avec son vieux maître, afin d'apprendre ses techniques ultimes.

Tueur devenu vagabond, Kenshin a été le témoin de la chute du shogunat et de l’émergence de despotes prêts à tout pour renverser le nouveau pouvoir en place. Face à la menace, Kenshin s’est juré de protéger la nation (...)sans rompre son voeu de tuer. (x)

Atsumi, dessinatrice de mangas à Tokyo, est dans le coma depuis un an, depuis sa tentative de suicide. Son petit ami accepte alors de participer à une expérience scientifique pour entrer dans l'inconscient de la jeune femme.

Au 19ème siècle au Japon, alors qu'une époque moderne s'annonce, Battosai, un tueur renommé, décide de se retirer. Il devient vagabond et décide de ne plus tuer. Il utilise un sabre inversé, dont le tranchant est dirigé vers lui.