En 1917 au Portugal, alors que la première guerre mondiale fait rage, trois enfants bergers disent avoir vu une « belle dame » les incitant à prier pour la paix. La nouvelle se répand qu'ils ont vu la Vierge Marie, ce qui attire l'attention de l'Eglise.

Dans un futur proche, Bacurau est un petit village du Brésil situé dans une région frappée durement par la sécheresse. Le gouvernement a coupé l'eau aux habitants. Un député détesté par le village veut l'éradiquer s'il ne se rallie pas à lui.

Clara, ancienne critique musicale, est désormais une vieille dame vivant dans un immeuble le long de la mer. Un promoteur immobilier veut s'emparer du lieu et rachète tous les appartements de l'immeuble. Mais Clara refuse de vendre.