Cinq mois après les évènements du premier film, Kurono se bat toujours sous les ordres de la Sphère Noire et il a bientôt atteint les 100 points qui lui permettront de ressusciter son ami d'enfance Kato.

Deux lycéens se font tuer, écrasés par une rame de métro. A leur grande surprise, ils se retrouvent bien vivants dans une pièce dépouillée où se trouve une sphère noire. Cette sphère va leur donner d'étranges missions à accomplir.

Noriko, 17 ans, se pose des questions existentielles auxquelles son cercle familial est imperméable. Elle se réfugie sur internet pour des amitiés grâce au tchat, ce qui la conduit à fuguer et rejoindre un étrange cercle. Son père tente de la retrouver.