Allison est impliquée dans un accident de voiture mortel. Elle-même survit, mais porte une culpabilité qui ne s'efface pas avec les années. Elle dot également soigner une dépendance aux opioïdes résultant des traitement après l'accident.
Néo, 18 années après avoir sauvé Zion, se retrouve dans la matrice, redevenu programmeur de jeu. Il a la sensation que quelque chose ne va pas. Un certain Morpheus lui propose de faire un choix vital.