Une famille en vacances dans un chalet au milieu des bois est agressée par quatre personnes qui les immobilisent. La famille est alors sommée de faire un choix terrible, dont pourrait dépendre le sort de l'humanité.
Néo, 18 années après avoir sauvé Zion, se retrouve dans la matrice, redevenu programmeur de jeu. Il a la sensation que quelque chose ne va pas. Un certain Morpheus lui propose de faire un choix vital.