Kamui est un ninja rebelle à son clan. Il est traqué sans relâche par d'autres ninjas qui ne cessent de l'attaquer. Son chemin le conduit sur un bord de mer où il va rencontrer un pêcheur qui respecte le code d'honneur des anciens ninjas.

Années 1860: les élevages européens sont ravagés par une maladie qui met en péril la production de soie. Un jeune officier, marié, se rend au japon pour trouver des œufs de vers sains. Il tombe amoureux de la concubine d'un baron japonais.