Edward est étudiant dans la prestigieuse université de Yale. Il est fait aussi partie de Skull and Bones, une société secrète dont l'honneur et la discrétion sont des valeurs essentielles. Edward est approché par les services secrets américains.

En 2001, le vaisseau Discovery a disparu près de Jupiter. En 2010, une équipe de cosmonautes est envoyée conjointement par les Etats-Unis et l'URSS vers le lieu de cette disparition. Les concepteurs de Discovery font partie de l'expédition.

A Noël, des étudiantes pensionnaires dans une résidence ne rejoignent pas leurs familles respectives, et vont passer les fêtes sur place. Un soir, elles sont dérangées par des appels téléphoniques anonymes, puis l'une d'entre elles disparaît.

A l'aube de l'humanité, une tribu de primates a l'idée, sous l'influence d'un monolithe noir, de se servir d'un os pour tuer. 4 millions d'années plus tard, l'humanité découvre un autre monolithe noir sur la lune.