Après une première rencontre dans les toilettes d'un vol Los Angeles - New-York, Oliver et Emily vont se recroiser à nouveau par hasard. Au fil du temps, une sorte d'amitié amoureuse s'installe entre eux.

Deux ans se sont écoulés depuis les évènements du premier épisode. Jason Bourne se cache en Inde où il vit avec Marie. Mais un jour, il repère dans le village un homme suspect, un européen, et son flair l'avertit qu'il est à nouveau en danger.

Militant contre la peine capitale au Texas, David Gale, un professeur d'université, se retrouve lui-même condamné à mort pour le viol et le meurtre d'une amie militante. Une journaliste est convaincue de son innocence.