En 2035, l'humanité est réduite de 99% de sa population, anéantie par un virus qui a émergé en 1997. Les survivants se sont réfugiés sous terre. Des scientifiques envoie un homme dans le passé afin qu'il découvre quelle est l'origine du virus.

Le Sphinx, le Pingouin, Catwoman et le Joker, les quatre plus grands criminels de Gotham City, unissent leurs forces pour un grandiose projet: devenir les maîtres du monde. Mais Batman et Robin vont tout faire pour contrer leurs plans diaboliques.