Les machines atteignent les portes de la cité de Zion, menaçant les rebelles d'un anéantissement total. Neo décide de vaincre l'ennemi en frappant à la source.

De nombreux humains ont été délivrés de la Matrice et se sont regroupés dans une cité souterraine, Zion. Les machines utilisent une foreuse pour atteindre Zion. Néo, Morpheus et Trinity retournent dans la Matrice pour consulter l'Oracle.

Néo, un hacker informatique fait la rencontre d'un groupe mystérieux qui remet en cause la nature même de la réalité. L'humanité serait prisonnière d'une illusion. Morpheus, le leader du groupe, propose à Néo de les rejoindre.