Ferdinand est un taureau gentil, pacifique, qui aime les fleurs, et devient tout triste lorsque son père est emmené par le torero pour combattre dans l'arène. Il s'enfuit et se retrouve dans une ferme d'Andalousie.

Blu et Perla, couple de perroquets, vivent à Rio de Janeiro, et ont eu trois enfants. Perla a le désir d'un retour aux sources : aller vivre dans leur milieu naturel, la jungle. Mais ils ne connaissent rien à la nature et les surprises vont se suivre.

Blu est un oiseau tropical d'une espèce en voie de disparition. Vendu en exportation vers les Etats-Unis, il coule des jours confortables auprès d'une jeune libraire. Mais un scientifique veut le ramener au Brésil, pour qu'il perpétue son espèce.

Les héros de l'Age de glace, éléphants, tigre sabre, paresseux ... reviennent dans une aventure qui va démarrer avec la découverte d'un monde souterrain caché, rempli de monstres préhistoriques.

Une catastrophe se prépare: le réchauffement climatique fait fondre une barrière de glace qui protège la vallée de l'océan. Une inondation est imminente. Manny le mammouth, Diego le tigre et Sid le paresseux doivent s'exiler.

On est à l'ère glaciaire. Manfred est un mammouth et Sid, une mangouste volubile et gaffeuse. Les deux compères trouvent un bébé humain et tentent de le ramener dans sa tribu. Ils doivent le défendre de Diego, un tigre aux dents de sabre.