Les mutants ont désormais le choix entre garder leurs pouvoirs surnaturels, ou bien redevenir des humains, grâce à la suppression permanente du gène X. Magneto dirige un clan belliqueux de mutants qui veulent rester tels qu'ils sont.

Le professeur Xavier, un puissant télépathe, dirige une école spécialisée pour les mutants. Les mutants sont considérés comme des monstres par certains humains et Stryker, leader des anti-mutants, projette un assaut contre l'école.