Bone est un expert du combat à mains nues. Il sort de prison. Mu par un serment prêté à un de ses amis qui est mort, il évolue dans le milieu des combats de rue et se rebelle contre les ambitions d'un chef de la pègre locale.

Les machines atteignent les portes de la cité de Zion, menaçant les rebelles d'un anéantissement total. Neo décide de vaincre l'ennemi en frappant à la source.

De nombreux humains ont été délivrés de la Matrice et se sont regroupés dans une cité souterraine, Zion. Les machines utilisent une foreuse pour atteindre Zion. Néo, Morpheus et Trinity retournent dans la Matrice pour consulter l'Oracle.

En 1964, le boxeur Muhammad Ali, qui se nomme alors Cassius Clay, remporte son premier titre de champion du monde. Ali, formidable boxeur au jeu de jambes légendaire, est aussi un révolté. Il est proche du leader noir Malcom X.