Alita se réveille amnésique dans un monde futur qu'elle ne connaît pas. Un médecin s'occupe de remettre en état son corps cybernétique. Elle découvre qu'elle est une arme de combat sophistiquée, qui fait l'objet de convoitises.

Xavier a réussi à contrer les Sentinelles, mais dix ans après, un nouveau voyage dans le temps modifie le présent. Apocalypse, le premier mutant, né au temps des égyptiens, se réveille, et, déçu par le monde qu'il découvre, décide de l'anéantir.